Sankt Nikolai beherbergte eine der bedeutendsten Renaissanceorgeln Norddeutschlands, die der dänische Hoforgelbauer Nicolaus Maaß von 1604 bis 1609 im Auftrag des dänischen Königs Christian IV. gebaut hat. Das Instrument wurde von 1707 bis 1709 von Arp Schnitger in ein barockes Orgelwerk umgebaut und erweitert.
Der 15 Meter hohe und 7 Meter breite Prospekt der Orgel ist ein Meisterwerk des Flensburger Bilderschnitzers Heinrich Ringeringk. Noch heute gehört dieser prachtvolle Prospekt mit seinem kunstvollen Schnitzwerk und dazugehöriger Orgelempore zu den Größten in Nordeuropa. Planlose Umbauten seit 1920 hatten das Instrument zerstört.
1997-2009 verwirklichte der international renommierte Orgelbauer Gerald Woehl aus Marburg hier ein ehrgeiziges Projekt. Weltweit erstmals entstanden hinter dem in ursprünglicher Farbigkeit restaurierten Prospekt zwei Stilinstrumente:
Im historischen Gehäuse als unverzichtbares Erbe die Klanggestalt der Schnitgerorgel (1709) mit deren spezifischen Wesensmerkmalen: alte, mitteltönige Stimmung und lebendige, gleichsam "atmende" Windversorgung aus drei traditionellen Keilbälgen, was eine authentische Wiedergabe der Musik des norddeutschen Barock ermöglicht. Der Spieltisch (drei Manuale und Pedal) befindet sich am Hauptgehäuse auf der alten Orgelempore.
Dahinter steht eine symphonische Orgel mit den Merkmalen großer romantischer Orgeln, mit moderner, gleichstufiger Stimmung. Deren "Lunge" besteht aus 8 Magazinbälgen, die das große Instrument mit dem nötigen Wind versorgen und es ermöglichen, dass die Orgel vom zartesten Pianissimo bis zum grandiosen symphonischen Tutti mit homogener, Melodie betonender, Klanglichkeit erklingt. Diese Orgel hat einen eigenen, freistehenden Spieltisch (vier Manuale und Pedal) auf der unter der Orgelempore liegenden Sängerempore.
Seit ihrer Fertigstellung besitzt Sankt Nikolai nicht nur wieder die größte Orgel des Landesteils Schleswig, sondern ein auch in seiner Art einzigartiges Instrument: Zu sehen der als nationales Kulturdenkmal eingestufte Prospekt aus der Renaissance. Zu hören sind eine große norddeutsche Barockorgel nach dem Vorbild Schnitgers und ein symphonisch-romantisches Instrument, inklusive Fernwerk auf dem Dachboden über dem Altarraum.
So spiegelt diese Orgel in ihrer Gesamtheit, mit ihrer einzigartigen Verbindung von historischem Erbe und moderner Neugestaltung, selbst die bewegte Orgelgeschichte der letzten 400 Jahre an Sankt Nikolai wieder.
KMD (und Organist) Michael Mages leitet mehrmals im Jahr Orgelführungen, bei denen viele Besucher zum ersten Mal eine Orgel aus nächster Nähe erleben und mehr über die unbeschreibliche Klangvielfalt und reiche Geschichte dieses Instruments erfahren.
Zudem versuchen wir in St. Nikolai, auch künftige Generationen für die Welt der Orgel (und der Kirchenmusik) zu begeistern, beispielsweise mit der Orgelmaus (frei nach einer szenischen Lesung von Kai-Peter Chilla). Nach mehrfachen Aufführungen in St. Nikolai soll das generationsübergreifende Lehrstück von Daniela Friedrich und dem Organisten Rainer Rafalsky zur musischen Bildung auch in anderen Stadtteilen aufgeführt werden.
