St. Nikolai versteht sich als »Offene Kirche für die Stadt«. Das bedeutet für sie eine besondere Verpflichtung. Die Kirche ist Ort zentraler Gottesdienste, Feiern, Veranstaltungen und Versammlungen des Kirchenkreises, das heißt der Kirche im Raum Flensburg. Auch ist sie offen für vielfältige Kooperationen und Aktivitäten unterschiedlicher Veranstalter, wenn diese der Sinngebung der Kirche und natürlich den christlichen Grundlagen, nicht widersprechen.
Institutionen, Vereinen und Initiativen steht das Gemeindehaus oder das »Alte Pastorat« am Südermarkt im Zusammenwirken mit der Kirchengemeinde oder zur Miete offen. Das frühere Diakonat, später das Hauptpastorat, wurde im Jahre 1743 im Barockstil errichtet. Die Gemeindeaktivitäten an St. Nikolai sind geprägt von grundsätzlicher Offenheit und beziehen auch das politische Geschehen und geschichtliche Erbe ein. So fand das Gedenken der Menschen aus der ganzen Stadt nach dem 11. September 2001 in St. Nikolai statt.
Jedes Jahr am 9. November wird der Reichspogromnacht von 1938 gedacht. Die Friedens- und Ökumenearbeit vor Ort hat lange Tradition. St. Nikolai versteht sich als Raum für offene Foren zu Themen, die Gemeinschaft und Öffentlichkeit betreffen.
Besonders möchten wir die spirituelle Ausstrahlung dieser Kirche erfahrbar machen: Es gibt, neben dem Umhergehen, neben Schauen oder stiller Einkehr, die Möglichkeit, über ausliegende kurze Texte nachzudenken, eine Kerze zu entzünden und in das Gebetbuch zu schreiben. Orgelmusik, Ausstellungen und diverse Aktionen bieten darüber hinaus oft Anlass zu längerem Verweilen. Auch im Alltag lädt die Kirche Sie ein zur Einkehr mit ihrer stets geöffneten Tür.
